由于受多方面因素影响和制约，云南省少数民族传统文化保护传承仍然存在一些亟需解决的主要问题：
(一)少数民族文物古籍流失严重
目前，云南民族古籍约有8万册(件)散存于民间，由民间艺人、祭司保管传承，由于缺乏足够的抢救征集资金，目前正以每年约上千册(件)的速度流失;许多价值极高的民族历史文化古城及文物濒临消失。究其原因，一是保管不善导致民族文字文献古籍原件流失。二是民族古籍大多由民间知识分子、祭司、民间艺人等所掌握使用，精通古籍者随着岁月的流逝越来越少。三是无文字民族的口碑古籍自然流失严重。四是民族文物被大量盗买。由于境内外文物走私活动频繁，纳西族东巴艺术品、彝族毕摩绘画经籍、傣族贝叶经等许多珍贵民族文物，民族雕刻品、民族乐器、民族服饰等民间保存不多的物品被盗买、收购，甚至流往境外。五是文物保护管理手段落后。许多已征集到的文物，因管理不善又遭破坏，未能很好发挥其应有作用。
(二)少数民族语言传承难度加大
有一部分民族语言(方言)得不到有效的抢救和保护，特别是一些人口较少无文字的民族语言正面临消亡的危险。如德宏州梁河县有阿昌族人口近2万人，但能说阿昌族母语的仅占40%。西双版纳基诺族、布朗族已普遍使用傣语，潞西三台山德昂族普遍使用傣语和景颇语，丽江古城区纳西语基本被汉语替代。多年来，有关民族语文的政策法规，只有《宪法》和《民族区域自治法》作出原则性规定，具体的实施办法和条例一直没有出台，导致民族语文工作长期缺乏具有可操作性的政策法规指导，随意性较大，缺乏必要的经费保障，民族文字的规范、使用和发展面临困难。
(三)少数民族传统文化传承人才出现断层
民族民间艺人是本民族传统文化的主要创造者、保护者、传承者。目前存在的普遍现状是，民族民间老艺人、传承人消逝后，年轻一代的艺人还难以担负起传承重任，民族文化遗产传承难、传承人才缺乏已成为突出问题。很多民族的著名史诗、古籍已成为无人知晓的“天书”。
(四)少数民族非物质文化遗产大量流失
上世纪民间普遍流传和使用的榨油、榨糖、纺织等传统机具现在已经很难看到;木楞房、剁木房、土掌房等民族民居建筑类型逐渐消失;很多民族的创世神话、传说、史诗、古歌等民族民间文学随着民间老艺人的去世而面临失传，人亡艺绝的现象突出;曾保存在佤族、景颇族、拉祜族等地区的传统取火方式现已基本消失;前些年西双版纳傣族地区普遍流传的制陶工艺、造纸技术、人力牛力水力榨糖技术、树皮衣制作工艺，甚至传统的傣家竹楼已很难见到。此外，一些地方对民族文化遗产保护传承重视不够、意识淡漠，宣传力度不够、社会关心不足，保护传承民族文化遗产未能成为全社会自觉行动等问题仍然存在。
(五)民族传统文化的生态人文环境遭受不同程度破坏
近年来，在云南省一些民族地区，因经济建设的发展，民族传统文化的生存环境、人文环境、传承空间受到不同程度的破坏或损毁。如临沧市沧源县糯良大寨全部居民都是佤族，住房全是干栏式的茅草房，居住环境恬静优美，民族文化保留完整。在前几年的扶贫攻坚和经济建设过程中，把全部的茅草房都改建成了石棉瓦房，后来受到多方面的质疑又恢复成新的茅草房，但风格独特、魅力无限的传统民居建筑文化已经永远消失。
(六)少数民族传统文化保护与开发矛盾日显突出
民族民间传统文化在现代文明冲击下消失蜕变严重，民族地区的服饰、传统工艺、民居、音乐舞蹈、风俗习惯等特色文化资源正在发生消失和变异。民族民间的盲目性、自发性开发现象突出，一些地方和单位为迎合部分游客猎奇心理，对民族文化的任意曲解现象日趋严重，或制造一些根本不存在的假民族文化，或把一些本民族视为禁忌的习俗庸俗化表演，严重违背和伤害了本民族意愿和感情。
(七)少数民族传统文化保护传承经费不足
为了做好少数民族文化保护传承工作，云南从省到部分州市县都设立了专项经费，但是经费总量还较少，远远不能满足现实的需要，严重制约着少数民族文化的抢救保护和有效开发。如民族语言文字、民族古籍、民族宣传等事业单位，也都面临着工作经费紧缺、相关工作无法开展的困难。
