明朝初年，朝廷利用朝代更替的有利时机，废除了元代云南土官的总代表大理总管段氏的世袭统治地位，在全省范围内首先打开了“改土归流”的序幕，并对云南府（今天的昆明）、大理府、永昌府（今天的保山）等的部分地方一开始就不再利用土官来进行统治，而是直接任命了流官。明中叶以后，云南内地的大部分府、州、县社会和经济更加迅速地发展起来，特别是大量汉人的迁入，集镇的出现，使得一些土官统治地区的生产方式发生了根本性的变化，土地自由买卖现象普遍出现，“改土归流”的社会条件已经成熟。于是明中央王朝开始对包括罗婺地区在内的云南广大地区的土官制度进行了有计划、有步骤、有目的改革，不断加快“改土归流”进程，使其进一步郡县化。
一、武定土官与明王朝的较量
武定土官前辈自南诏、大理以来世代为罗婺部长，元、明又相继为武定军民府土官。特别是自明初以来，经过近百年的苦心经营，势力不断增强，各种统治手段进一步完备，到凤英时史书称其已经达到了“兼制全滇”的境地。
正德六年（1511年），凤英死，他的儿子凤朝明接任，可是巡抚唐龙看到他“器宇轩昂，才气高迈；游息滇庠，涵养经史；立心正大，制行端庄”，即以“朝明有判状”为借口，拒绝让他袭任，奏请朝廷将他革除，改设流官。凤朝明也不甘示弱，急忙派人赶往京城并重财贿赂明朝廷官员钱宁，以求得袭职。但仍然遭到朝廷部分官员的极力反对而降为土舍。
1520年，凤朝明奉命征讨广西十八寨有功，再请封土官职，可惜还没有批下来他就死了，接下来就由他的儿子凤昭继袭，但是由于凤昭年龄太小不能履事，便由他的生母凤朝明的妻子瞿氏代理政务。1527年11月，相邻的寻甸府知府马性鲁在征粮过程中与寻甸土舍安铨产生矛盾，马性鲁自恃身后有朝廷撑腰，随意将安铨的妻子（武定凤氏土官之女）捕捉投牢，还裸身鞭打。安铨愤激起兵反抗，势如破竹，并自称为寻甸知府，安铨所率部队不仅占领了寻甸全境，俘掠知府马性鲁，还进攻嵩明、马龙等处，明朝廷紧急派出都御史傅习带兵讨伐惨遭失败。于是，凤昭的叔父凤朝文深感武定改土归流后对自己权势的威胁，以及不满其兄死后知府政权由其嫂把持这一局面，也起兵响应安铨。毛奇龄在《蛮司志》中说：“朝明死，子昭幼，当袭。其妾瞿氏请护印，朝明弟朝文忌之。”
凤朝文先在武定城西北面的三台山上筑城屯兵，操练兵马，聚集力量，作好反叛的一切准备，并待机会成熟后才率领部队下山攻占武定城和禄劝城，杀死同知袁俸、知州秦健等十三位知府要员，与安铨混合组成两万多人的队伍攻打省城，并驻扎在城西门外，烧毁很多军民房屋。随即明朝廷以右都御史伍文定为兵部尚书，率领贵州、四川、湖南等地的军队和云南元江、蒙化（今天的巍山）、镇源的傣族和彝族土司武装进剿。凤朝文兵败返回武定，而凤昭和他的母亲瞿氏则积极协助明朝军队进剿。凤朝文不得不带着家奴数人取道沾益，直奔东川，在汤朗箐被杀。凤昭也就因此而得到朝廷的认可，正式袭任土知府职位。
二、武定第一任流官的设置
嘉靖十年（1531年），峨山一带又发生了兵乱，凤昭被明朝廷征调前往讨伐，不幸死于途中。武定知府之职由于凤昭年轻无后，仍由他的母亲瞿氏掌管，凤昭的妻子索林辅佐。
1563年，由于瞿氏年事已高，就保举索林袭职，自己主动请老让位。索林主事后，“遂失姑礼，瞿氏大恚”，婆媳失和，关系日渐紧张。瞿氏便收异姓儿阿伦为养子，取名为凤继祖，并派遣其到京城去答谢朝廷，准备争取支持，废除索林，接替知府职位。瞿氏还告求贵州水西土司安国亨（其外甥）、四川建昌土司等帮忙，首先造成重大的声势，但还是拿索林无法。只得采取先发制人的手段，谎称自己已被索林囚禁，带信催凤继祖火速赶回武定营救她。
凤继祖回到武定和瞿氏合谋后，诈称自己这次上京已被朝廷任命为世袭土官，取得府内很多不知道真相的官员的拥戴，直接带兵冲进府内向索林逼夺府印。索林只得携带府印连夜直奔省城告急。于是，巡抚立即派人随索林返回武定，向知府众官员说明真相，宣布索林继续履行知府职务，瞿氏和凤继祖则仍旧经营其庄田。
经过这件事后，瞿氏悔恨当初保举索林，索林也深感凤继祖对她袭职的威胁，于是准备找机会诛杀凤继祖，以解除后顾之忧，不料泄密。凤继祖赶紧串通姚安土官高钧、易门土官王一心、东川土长之下属阿科等，首先带兵围攻知府。索林再一次抱府印上省城告急，这一次，云南巡抚就不像上一次那样派人帮助调和，而是收缴府印，捕捉索林手下最得力的帮手郑泓入狱，重新又命令年迈的瞿氏料理府事，同时派巡抚都御史敖宗庆等调兵会剿乱事的凤继祖，但中途兵败，云南县（今天的祥云县）土官杨训战死，官军不得不收兵，暂停对武定的进攻。
在这种情况下，凤继祖采取一战一和两手策略。一方面在本地招兵买马，甚至亲自越过金沙江到会理等地招募人员，继续组建武装部队，扩充军事势力，并在武定附近的三台山上修筑凤家城等军事要地，作好长期作战的准备；另一方面，积极派人上省城诱骗索林返回讲和。这样，索林在争得新任巡抚吕光洵的支持下，返回武定准备继续履行知府职事。不料，刚到武定，凤继祖就凭借自己兵强马壮，带兵围攻索林，杀死郑泓等知府官员七十多人。于是，朝廷再一次调集各地土司、土府兵士会剿。凤继祖终因寡不敌众，兵败逃往东川寻求避难。此时，阿科看到官兵和各地的土司土府都在进剿凤继祖，也就不敢收留，反而率领兵士帮助围剿。凤继祖最终兵绝被杀，索林也不能再在武定居住而出走。
经过四年的战争，到隆庆元年（1567年）事态平息，云南巡抚吕光洵乘机奏请改设流官。是年，明朝廷正式任命江西籍汉族刘宗寅为武定军民府首任流官知府，邓世彦为同知，凤历为经历。万历《云南通志》卷一说：“隆庆元年，灭武定逆酋，巡抚尚书吕光洵奏设流官。改治、立御、建学、作城。”《明史·土司传》也说：“武定平，遂悉置流官。”同时，在武定军民府辖区内设置了龙街关巡检司巡检、金沙江巡检司巡检（《明会典》上则说是小甸、罗摩河、干海子三巡检）。从此，凤氏家族不再有较强的武装力量与明王朝对抗，明王朝也终于实现了对武定土知府的彻底改流。
三、武定土官余势与新兴地主阶级的斗争
武定军民府改设流官以后，由于索林在平定凤继祖叛乱时有功而被巡抚置于省城，让其安度晚年。
武定知府刘宗寅到武定就任后，为了缓和矛盾，便于其在广大彝区的统治，授予彝族地主索林的亲属凤历和其子凤思尧庄田百余处，授凤思尧为知府经历，使“彝民有主”，料理彝族内部事务。但是，一方面由于彝民对外来汉族流官天然的不接受和不信任，加之汉族地主、商人在流官的支持和纵容下，深入彝区随意掠夺土地，欺骗和压迫彝族人民，引起彝民对流官和汉族地主、商人的不满和怨恨，从而存在对本民族土官统治的怀念和幻想；另一方面，凤历认为自己对朝廷有功，而朝廷却没有让他的儿子直接担任知府职存在不满。因此，到1569年，凤历阴谋纠集四川七州和贵州水西等地的彝族头目作乱。刘宗寅知道后派人前去劝说无效。凤历还“自称凤思尧为知府，攻打武定城不能破”。夜晚刘宗寅等趁其不备，轻易攻破叛军阵营，全部截获并诛杀作乱官兵。史书称：“凤氏祸本谓永绝矣！”
通过这件事后，流官不仅仅只是加紧压迫和剥削当地彝族农民，而且还时时处处抑制彝族地主的发展，使阶级关系和民族关系同时紧张起来。1607年，知府陈典以“廉访”为名，看到彝族地主郑举很富有，便摆出“抑豪强”的架势，逼迫郑举把金子置于鱼腹中馈赠给自己，以此免灾。但是，陈典仍不肯罢手，连续三四次对郑举动手，非把郑举的财产勒索精光不可。于是，在万般无奈之下，郑举于当年十一月与逃亡到金沙江以北的凤阿克（凤继祖的侄儿，又名凤腾霄）相号召，趁陈典上省城之机，纠集彝族民众，发动了反抗明王朝统治的战争。
凤阿克、郑举等很快就攻破武定府城，史书说“阴结江外会川诸蛮”，“攻武定，城溃竟莫知贼入”。并占领知府，杀死指挥金守仁、千户王应爵、魏守恭、张斗、梅应时等大小官员四百五十多人，进而又相继攻下了元谋、罗次、禄劝、寻甸等，直逼省城昆明。同时，寻甸彝族头目大理保、杨礼，彝族妇女海冲等，也起而号召寻甸彝族农民反叛响应，攻破嵩明州城，杀死官吏韦宗孝等全家。凤阿克、郑举等围攻昆明索取武定府印，云南巡抚陈用宾不给。于是，他们从北门外绕西南而东，沿途村镇焚劫一空，随时有入城之状。陈用宾被围得无法，为了作缓兵之计，只得先满足凤阿克、郑举的要求，从城墙上将武定府印丢下。凤阿克、郑举看到府印不假，便解了昆明之围，骑上马，捧着武定知府的大印，得意洋洋地率队伍回到武定当起了知府。
凤阿克、郑举返回武定后，迫不及待地立凤阿克为武定军民府知府。而巡抚陈用宾则急忙调集各地土兵，于1608年6月，分兵五路同时向武定、元谋、罗次、禄丰、嵩明等地进攻，很快武定被攻陷。凤阿克、郑举率领残部退守三台山。不久，仍然抵不住官兵的进剿，最后只得逃往东川。由于官兵追之甚紧，东川彝族土司禄哲随即将凤阿克、郑举等捆绑交给官军，最后是“俘阿克等九人至京师，磔于市”，寻甸彝族的反抗也随之被镇压下去。
四、武定凤氏土官余势的最后挣扎
天启初年，凤氏后裔凤阿歹和彝族头目张世臣等借“奢安之乱”奢安之乱：天启元年（1624年），四川永宁宣抚司宣抚奢崇明（彝族土酋）借帮助明王朝镇压在北方崛起的后金为名，调集兵士两万余人赶到重庆府时，突然倒戈发动了反明战争，当即杀死四川巡抚徐可求和道府总兵等官员二十余人，并攻陷合江、纳溪、泸州等地方后队伍发展到十多万人，开始围攻成都，自称“大梁王”。1622年，贵州水西土舍安帮彦与之配合，进攻毕节、安顺、平坝、龙里等地；盐仓（今天的贵州省威宁境）土目安效良亦起兵相助，随即围攻贵阳。这就是历史上著名的“奢安之乱”。阴谋纠集东川、寻甸和武定等地的民众一千多人，准备乘机恢复武定土官原本的地位和势力。他们从东川出发，先后攻占了他颇、补知他颇、补知两地在禄劝境内靠近东川、寻甸的地界边。等两个军事要地后，将矛头直接指向武定军民府。
于是，知府胡其慥一方面竭力抵抗，另一方面派人火速直奔省城告急。巡抚沈儆炌派出参将李思忠率领大军援救武定。经过数日的激战后，张世臣等兵败逃往他颇驻扎。1622年，官军偷袭成功，在他颇斩杀张世臣，叛乱事平。凤阿歹也在不久后死去。
凤阿歹死了以后，他的妻子奢卓将自己改姓凤，叫做凤奢卓，并擅自招了金沙江北面的鲁基为夫，盘踞在今天禄劝撒营盘之西的一个叫撒甸的地方，自称为土舍，统治武定禄劝的一部分地方，企图恢复凤氏往日的势力。到1665年，凤奢卓因抗粮拒捕，遭到武定知府彭蠡的灭绝性镇压，最后只得逃到其老家东川法嘎避难，撒甸被武定、寻甸等府派兵占领，由于官府追逼甚急，凤奢卓的后家只得将女婿鲁基和奴仆等多人交给官府以谢罪。后来平西王吴三桂在云南作乱，发动了对清王朝的反叛战争，亲自率兵由云南出发，先后占领了贵州、四川、湖南、广西等地区。这时，凤奢卓认为复仇的时机已经成熟，便率领部下又重新进入并控制撒甸，继续她的统治，可是不久她就病死了。她死后，其与鲁基所生之女，已嫁给贵州普安土司龙天佑为妻的凤阿爱借奔丧之名，返回娘家，盘踞在撒甸，不肯再回普安去。过了一些时候，龙天佑也死了，凤阿爱便自作主张招了马龙地区的彝族头目常应运为丈夫，并自称为凤氏子孙，还“雄制诸夷”。但是，不到三年，她也死去了，留下一个小儿子叫凤如松。常应运很快又娶了东川陆氏土酋的妹妹为妻，并生下一个小儿子叫常守嗣。
1715年，由于常应运与慕连土司那德发结仇，连年厮杀不休，死伤无数，影响地方安宁。禄劝州知州李廷宰派出吏目史道隆等前往撒甸驱逐常应运无效，李知州只得亲征。于是，常应运丢下凤如松不管，携带妻子陆氏和常守嗣逃往山中躲藏起来，不时还袭击附近的马头禄劝在旧时分为五境二十四马，境地汉族占多数，马地则彝族占多数，后来改马为甲，每个甲立一个甲头，但是地方民众不习惯，仍然称其为马头。甚至复入撒甸，诱骗民众近千人，攻打卓干马（今天的禄劝县团街）。而撒甸和附近各马头则纷纷表示愿意协助官府捉拿常应运，归顺流官的统治。
1718年，云贵总督蒋陈锡调集曲靖、寻甸、武定三路兵马会剿，常应运被迫逃往江北，四川巡抚也派兵配合搜捕，不久被杀，首级送回。凤如松则被逮捕后送到京城治罪，而常守嗣则逃脱，长期藏匿山中，当地彝民们仍以土司相待，人称常土司，其势力也在不知不觉中慢慢壮大。
1726年，云贵总督鄂尔泰进行大规模的改土归流，并在对东川、乌蒙、镇雄等地的改流过程中，招募部分早已改设流官统治地区的土兵参加。这时，常守嗣被募招参加征战有功，允许继续其统治，成为撒甸地区的合法土司。但是，这个时候的常土司，已经不再是过去的凤氏了，其血缘也不再是凤氏家族的后代，他从此便堂而皇之地正式以常土司的身份跃居历史舞台。
