云南彝族的来源主要有两种说法。土著说。西南土著说认为，彝族自古以来就居住在祖国的西南，经过人类不同的发展阶段而成为现今的彝族。云南土著说认为，云南是彝族的起源地，其它省、市、区的彝族是从云南迁徙出去的。北来说。汉文和彝文多有记载，彝族主要源自古羌人，古羌就是对西部许多不同民族的统称。
彝文《指路经》记载，阿普笃慕是彝族的祖先，其六个儿子分为六个支系，称“六祖分支”。而“六祖分支”发生在曲靖、昭通等地。六祖中的布侯慕克克是中央皇国，治所在今曲靖、陆良、宣威、沾益等地，马龙紧邻曲靖，当在其中。云南大学教授尤中撰写的《云南民族史》中说：“与滇结成的縻莫等部落则在今嵩明、曲靖、陆良等地，其余知名的部落，当在马龙、沾益、寻甸一带。”至今马龙彝族中一些年纪大的都会说，自己的老祖先是阿普笃慕。
马龙一些记述彝族历史的资料中有“铜濑”，西汉时的马龙即“铜濑”。公元339年后的500年间，爨氏成为南中的统治者，爨氏自觉接受彝族等土著民族的文化生活习俗，成了“夷化了的汉族”。唐宋马龙曾是僰人的居住地。《元史·地理志》说：“马龙州，夷名曰撒匡，昔僰居之，盘瓠裔纳垢逐日蛮，而有其地。”盘瓠裔纳垢，即彝族一支。这时期的彝族为“爨人”，彝文称“爨文”“爨字”的地区为“爨区”。马龙是爨区中心地之一，因大鬼主、二鬼主曾居于马龙。
皮罗阁公元738年统一“六诏”，建立了以彝族为主体的“南诏”奴隶制政权，唐朝封其为“云南王”。当时东爨被称为“乌蛮”，西爨被称为“白蛮”。“乌蛮”即包括马龙全境的彝族主体。
元代，马龙曾设纳垢千户所。《马龙州志》曾记述：“其土著者，有僰人一种，衣冠饮食也以汉人同焉，喜读书，出身仕宦，代不乏人。又有土彝三种，苫草为屋，饭食膻粝，男无冠帽，女无结，有知汉语者，其类冥朴，人籍编差，亦易与为治也。”
明代，三次汉族随军南迁后，明王朝仍让有领地的彝族做当地头领，称为“土官”，所以马龙至今还有一个土官寨。清代土司制度下，奴隶制经济向封建领主经济逐步过渡。明清两个朝代，曲靖有土官22家，马龙土知州有安氏、常氏、沙氏。雍正年间，在彝族地区较为普遍地推行了改土归流，以有任期的流官代替世袭的土官。这期间，彝汉杂居相处明显，汉人多为从军而来。《马龙州志》说：汉族“皆中州人，明洪武年随征。从越州卫调拨屯御世其居焉。”上寨的老人说，他们的祖先是从曲靖东山的扯马格搬来的。咨卡的李国成老师考证，他们的祖先是由曲靖安土司的族人身份搬到咨卡的。月望乡文化站站长李朴生考察，咨卡赵氏是从陆良一个叫落皮沟的地方搬来的。小笼胯的李绍春、李进福等同志到四川凉山州会理县考察，会理县的彝族说他们的祖先是从云南搬去的。
历史上，马龙彝族主要有黑彝、白彝之分，黒彝为彝族中的贵族，属富有阶层；白彝也称二彝，有的是一般平民，有的也是富户，有的给黒彝土司当佃农。还有说黒彝与白彝是因血统不同而划分，不是因经济差别和政治地位而划分。
马龙彝族中，原先姓安、常、沙的较多，现在全县李姓彝族占多数，如尖山李子沟、纳章李子沟、汤郎、咨卡、小笼胯、月望半个山等都是李姓多。这说明李姓在马龙定居后，比较稳定，与汉族和睦相处，发展生产，繁衍子孙，代有人出。另外，据说纳章镇曲宗古城的土司搬走的落脚处是宜良县的一个地方；而纳章脯子山搬走后落脚处是红河的一个地方。王家庄原有龙姓的彝族，至今还存有墓碑，清末民初搬到宜良去了。通泉街道办老角寨、大庄乡上寨、王家庄街道办土官寨，在历史上曾经是马龙三个居有百户的彝族村，月望大海子也曾是彝族的集中聚居地。但至今土官寨彝族居民占59%，大海子145户的村庄彝族仅30余户，上寨现在虽彝族村，但只有40余户，老角寨却一户彝族都没有。其变迁的缘由可能是兵匪之患，也可能有其他因素。由于无历史资料可查找，年岁大的人只说老早是彝族大村，其子丑寅卯已经无法说清了。因此，可以说，由于各自不同的原因，马龙的彝族，有从外地搬进来的，也有自本地往外搬的。从咨卡村名考证：“咨”为姓，“卡”为村，指咨姓的村庄，但至今咨卡无一户姓“咨”了。说明千百年来，彝族在旧社会居住地变迁性较大。
