1998年2月5日，云南省建设厅向省政府递交了《关于滇西北"三江并流"申报世界自然遗产工作的报告》，申报工作正式启动；
1999年5月15日至6月15日，组织国内有关生态学、景观学、地质学、动植物学、建筑学专家和人民日报、云南电视台记者对"三江并流"的第一次综合考察和申报资料的调查搜集工作，取得了阶段性成果，得到了建设部和学术界的肯定；随后，６月１７日至１９日，"三江并流"申报世界自然遗产科学考察汇报研讨会在丽江召开，会议邀请了国家及省内生态学、地质学、景观学、动植物学等方面的著名学者、省直有关部门、"三江并流"区域内的丽江、迪庆、怒江三地州有关领导参加了会议；
1999年5月12日，云南省编制委员会批准成立"三江井流"风景名胜区申报世界自然遗产办公室和"三江并流"风景名胜区管理办公室，两块牌子，一套班子，合署办公。陈锡诚为主任，马苏红、刘文、陈惩为副主任；
1999年7月2日，省政府批准成立了以牛绍尧副省长为主任委员、三地州和有关部门领导参加的云南省"三江并流"国家风景名胜区申报世界自然遗产联席会议，负责申报的领导和组织协调工作；
1999年10月8日至29日，组织省内外有关专家及新闻工作者6人组成科考队，对"三江并流"风景区范围内的丽江、维西、香格里拉、德钦、兰坪风景区进行秋季补充考察；
1999年12月27日，省政府第91号令，发布实施《云南省三江并流国家重点风景区管理规定》；
2000年1月，写出50万字的申报文本初稿，经反复修改完善，3月形成了25万字的征求意见稿，4月11日，在北京组织了"三江并流"国家重点风景名胜区申报世界自然遗产文本审查论证会，与会领导和专家对申报文本给予高度评价，认为基本达到了联合国遗产中心和《世界遗产公约》的要求，一致予以通过；建议作进一步修改完善后，可作为正式文本上报；
2000年8月7日，成立云南省世界遗产管理委员会，管委会下设办公室，挂靠省建设厅。主任委员为副省长牛绍尧，常务副主任为副省长陈勋儒；省建设厅厅长程政宁等有关部门和地州领导为副主任委员，陈锡诚等有关部门和地州领导为委员，管委会办公室主任为省政府副秘书长施天骏，陈锡诚为常务副主任；
2000年10月18日，陈勋儒副省长主持召开了省世界遗产管理委员会第二次全体会议，主要内容是研究"三江并流"国家重点风景名胜区申报世界自然遗产的整治和管理项目，提出突出重点，整治项目计划应紧紧围绕"三江并流"申报世界自然遗产为专家确定考察线路；
2000年12月21日，省政府向国家建设部、教科文组织中国委员会递交《关于上报"三江井流"申报世界自然遗产文本的请示》；同时，"三江并流"中英文申报文本正式上报国家建设部和中国联合国教科文组织全会；
2001年3月14日至25日，建设部、中国联合国教科文组织全委会、云南省人民政府，在北京民族文化宫联合成功举办了"三江并流"国家重点风景名胜区申报世界自然遗产大型图片展；
2001年6月12日至27日，组织了来自清华、北大、中科院动物所、中科院植物所、武汉华中农大、昆明理工大学、云南师范大学的省内外专家完成对"三江并流"申报世界自然遗产线路的专项考察，其内容为：自然资源申报条件、考察线路安排及环境整治工程检查等；
2001年12月7日。国家建设部将"三江并流"风景名胜区２００２年申请列入世界自然遗产的函正式送交中国联合国教科文组织全委会；１２月２１日，国家教育部、外交部、建设部以《关于推荐"三江并流"国家重点风景名胜区列入世界自然遗产名录的请示》，将"三江并流"风景名胜区申请列入世界自然遗产项目的函正式上报国务院；１２月２９日，李岚清副总理等国家领导人批示同意"三江并流"国家重点风景名胜区作为我国２００２年申报自然遗产的意见；
2002年1月9日，中国联合国教科文组织全委会张崇礼副秘书长为"三江并流"国家重点风景名胜区申报世界自然遗产，正式致函联合国世界遗产中心主任Ｆｒａｎｃｅｓｃｏ Ｂａｎｄａｒｉｎ先生，并于１月１３日派专人赴法国巴黎，将"三江并流"申报文本送到世界遗产中心；１月１７日，联合国世界遗产中心致函中国联合国教科文组织全委会，"三汪并流"作为我国２００２年申报世界自然遗产唯一的申报项目，联合国教科文组织世界遗产中心，计划于１０月份派专家进行实地考察。要求云南省做好下一步工作，迎接联合国专家的考察；
2002年4月1日起，省"三江并流"申报世界遗产管委会办公室再次组织了地质、动物、植物、景观等有关专家，对联合国专家考察线路作进一步考察，历时25天；
2002年7月13日至28日，建设部左小平处长率国家专家组对联合国专家的考察路线进行最终审定考察，最后确定了IUCN专家"实走三江"的考察方案。
2002年8月9日。由省委常委、常务副省长牛绍尧及陈勋儒副省长，主持召开了云南省世界遗产管理委员会第六次会议；
2002年9月2日，云南省政府发出《关于认真做好迎接联合国专家评估考察"三江并流"申报世界自然遗产工作的通知》，敦促做好迎接联合国专家考察的工作；9月30日，云南机构编制委员会下文，将"云南省＇三江并流＇国家重点风景名胜区管理办公室"更名为"云南省"三江并流"名胜区管理局"；
2002年20月20日，联合国IUCN国际自然保护联盟吉姆.桑塞尔和莱斯.莫洛依两位专家抵达昆明，从10月9日至20日，分别对迪庆、怒江、丽江"三江并流"国家重点风景名胜区申报世界自然遗产区域进行实地评估考察。10月20日，常务副省长牛绍尧在丽江主持会议，专题听取了两位专家的考察反馈意见。
